Subject

Biological Sequence Processing

Course Title

Biological Sequence Processing
Processing of biological sequences

Code

m23_s_005

Study Programme

—

Organizer of the study programme (unit, institute, department or division)

Faculty of Computer Science and Engineering

Degree level (first, second, third cycle)

Second cycle

Academic year / semester

10 / Summer

Number of ECTS credits

Teacher

Ана Мадевска Богданова, Кире Триводалиев

Prerequisites for enrolling in the course

—

10.

Objectives of the course programme (competences)

Во овој курс ќе се истражуваат пресметковните проблеми кои се појавија од секвенционирањето на геномот. Студентите ќе се здобијат со знаење за:
- Алгоритмите за знаковни низи кои се користат за класичното порамнување на секвенци и проблемите со составување на геномот
- Алгоритми за споредување на геномите
- Класификација на секвенци користејќи веројатносни модели
- Алгоритми за анализа на податоци од експресивност на гени
Во текот на курсот посебен акцент ќе биде ставен на ефикасни алгоритми дизајнирани да ги задоволат предизвиците на брзо растечките збирки на податоци во тековната ера на секвенционирање на геномот со висок проток.

11.

Course content

Во рамки на предметот ќе видат покриени следните теми:
- Алгоритмите за знаковни низи кои се користат за класичното порамнување на секвенци и проблемите со составување на геномот
- Алгоритми за споредување на геномите
- Класификација на секвенци користејќи веројатносни модели
- Алгоритми за анализа на податоци од експресивност на гени

12.

Learning methods

Lectures supported by slide presentations, interactive lectures, exercises (using equipment and software packages), teamwork, case studies, invited guest lecturers, independent preparation and defense of a project assignment and seminar paper, learning in an electronic environment (forums, consultations).

13.

Total available time

6 ECTS x 30 hours = 180 hours

14.

Distribution of available time

60 + 0 + 45 + 45 + 30 = 180 hours

15.

Forms of teaching activities

15.1.	Lectures - theoretical instruction	60 hours
15.2.	Exercises (laboratory, auditory), seminars, teamwork	0 hours

16.

Other forms of activities

16.1.	Project assignments	45 hours
16.2.	Independent assignments	45 hours
16.3.	Home study	30 hours

17.

Assessment method

17.1.	Tests	15 points
17.2.	Seminar paper / project (presentation: written and oral)	45 points
17.3.	Activities and learning	15 points
17.4.	Final exam	0 points

18.

Grading criteria (points / grade)

up to 50 points	5 (five) (F)
from 51 to 60 points	6 (six) (E)
from 61 to 70 points	7 (seven) (D)
from 71 to 80 points	8 (eight) (C)
from 81 to 90 points	9 (nine) (B)
from 91 to 100 points	10 (ten) (A)

19.

Requirement for obtaining a signature and taking the final exam

Activities completed 15

20.

Language of instruction

Macedonian and English

21.

Method for monitoring the quality of teaching

internal evaluation and survey mechanism

22.

Literature

22.1.

Required literature

1. Alexandru I. Tomescu, Djamal Belazzougui, Fabio Cunial, and Veli Mäkinen | Genome-Scale Algorithm Design: Biological Sequence Analysis in the Era of High-Throughput Sequencing | Cambridge University Press | 2015
2. Richard Durbin and Sean R. Eddy | Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids | Cambridge University Press | 1998
3. Mark Borodovsky and Svetlana Ekisheva | Problems and Solutions in Biological Sequence Analysis | Cambridge University Press | 2006

22.2.

Additional literature

No. Author Title Publisher Year