Subject

Structural Bioinformatics and Proteomics

Course Title

Structural Bioinformatics and Proteomics
Structural Bioinformatics and Proteomics

Code

m23_w_006

Study Programme

—

Organizer of the study programme (unit, institute, department or division)

Faculty of Computer Science and Engineering

Degree level (first, second, third cycle)

Second cycle

Academic year / semester

9 / Winter

Number of ECTS credits

Teacher

Кире Триводалиев

Prerequisites for enrolling in the course

—

10.

Objectives of the course programme (competences)

Студентот ќе биде оспособен за анализа на протеинските структури, нивно користење и извлекување на дополнително знаење кое би се применило врз предикција на функција и структура на непознати протеински молекули. Студентот ќе биде запознаен со основните принципи на протеомиката и начините на одредување на функцијата на протеинот со користење на протеински интеракциски мрежи.

11.

Course content

Во функционирањето на организмите главна улога играат протеините. Познавањето на протеинската структура и начините на кои протеините влегуваат во интеракција може да дозволи развој на дополнително знаење и методи кои би се искористиле за предвидување на структурата и функцијата на протеините. Структурата на предметот е следната: Техники за експериментално одредување на протеинска
структура (NMR спектроскопија, X-ray кристалографија), формати на протеинска структура, PDB датотеки, структурно-класификациски шеми (CATH, SCOP), предвидување и порамнување по структура, одредување на функцијата од структурата, компаративно моделирање, препознавање на извиткувања. Експериментални и пресметковни методи за одредување на интеракцијата помеѓу протеините. Модуларна анализа на мрежите на протеински интеракции. Тополошка анализа на мрежите на интеракција на протеини. Статистичка анализа и анализа базирана на машинско учење врз мрежите од протеински интеракции. Интеграција на GeneOntology во анализата на мрежите од протеински интеракции.

12.

Learning methods

Предавања поддржани со презентации преку слајдови, интерактивни предавања, вежби (користење на опрема и софтверски пакети), тимска работа, пример случаи, поканети гости предавачи, самостојна изработка и одбрана на проектна задача и семинарска работа, учење во електронско опкружување (форуми, консултации).

13.

Total available time

6 ECTS x 30 hours = 180 hours

14.

Distribution of available time

60 + 0 + 45 + 45 + 30 = 180 hours

15.

Forms of teaching activities

15.1.	Lectures - theoretical instruction	60 hours
15.2.	Exercises (laboratory, auditory), seminars, teamwork	0 hours

16.

Other forms of activities

16.1.	Project assignments	45 hours
16.2.	Independent assignments	45 hours
16.3.	Home study	30 hours

17.

Assessment method

17.1.	Tests	15 points
17.2.	Seminar paper / project (presentation: written and oral)	45 points
17.3.	Activities and learning	15 points
17.4.	Final exam	100 points

18.

Grading criteria (points / grade)

up to 50 points	5 (five) (F)
from 51 to 60 points	6 (six) (E)
from 61 to 70 points	7 (seven) (D)
from 71 to 80 points	8 (eight) (C)
from 81 to 90 points	9 (nine) (B)
from 91 to 100 points	10 (ten) (A)

19.

Requirement for obtaining a signature and taking the final exam

Activities completed 15

20.

Language of instruction

Macedonian and English

21.

Method for monitoring the quality of teaching

internal evaluation and survey mechanism

22.

Literature

22.1.

Required literature

22.2.

Additional literature

No. Author Title Publisher Year