Факултетот располага со голем број на соодветно опремени лаборатории, кои што ги задоволуваат сите стандарди за изведување на практична и теориска настава. 

Во списокот на лаборатории спаѓаат: 

• Лабораторија за пресметување со високи перформанси
• Лабораторија за грид, паралелно и дистрибуирано процесирање
• Серверска лабораторија
• Лабораторија за напредни веб технологии
• Лабораторијата за интелигентна роботика
• System on Chip Design Laboratory
• Лабораторија за интернет и иновативни технологии
• Лабораторија за семантички технологии
• Лабораторијата за софтверско инженерство и напредни програмерски техники
• Лабораторија за информациски системи, мултимедија и визуелизација
• Лабораторија за мобилни и мултимедијални апликации
• Лабораторија за мобилно и сеприсутно семантичко искуство - LaMUSE
• SMART лабораторија за интерактивна настава и соработка
• Лабораторија за CISCO компјутерски мрежи
• CUDA Teaching Center од NVIDIA
• FORTINET лабораторија за информациска безбедност
• NOKIA центар за развој на мобилни апликации
• Регионален центар за социјални иновации
• Лабораторија за екоинформатика
• Лабораторија за интелигентни системи

На Факултетот има и поголем број на соодветно опремени лаборатории и компјутерски училници за изведување на настава во пониските години.